(一)有关规定对抵押的登记部门确认不统一，致使银行无所适从
如中国人民银行和建设部联合签发的《关于加强与银行贷款业务相关的房地产抵押和评估管理工作的通知》中规定，当地房地产管理部门为城市房地产抵押登记部门。而某省工商行政管理局与中国人民银行某省分行联合签发的《关于对金融机构贷款业务相关的抵押物进行登记的通知》中却规定，工商行政管理机关为以企业动产和厂房等建筑物作抵押的登记机关。
另外，由于没有在各抵押登记部门之间建立起必要的沟通制度，导致了债务人重复抵押登记，骗取贷款人资金，损害债权人利益现象的发生，带来了一些不必要的混乱和纠纷。如某债务人以无地上定着物的土地使用权向贷款人甲银行作抵押，并在土地管理部门办理登记；此后此债务人在同一片土地上建筑房产，待办理合法的产权证后，又用房产向贷款人乙银行作抵押，在房产部门办理抵押登记，这就发生了债务人重复抵押，债权人权利发生冲突的问题。这便是由于登记机关分属不同的行政机关，缺乏相互间联系而造成的不应有的结果。
(二)法定登记部门对有些贷款抵押物未开办登记业务
《担保法》规定，以林木抵押的，登记部门为县级以上林业主管部门；以航空器、船舶、车辆抵押的，为运输工具的管理部门登记。在实际工作中，当事人虽经多次与林业局、车辆管理机关等进行联系，但有些部门一直不同意开展该项登记业务，使得银行部门抵押物无法登记。
(三)有些抵押物办理抵押登记难度较大
主要表现在:一是有些企业资产由于历史上的种种原因，没有办理产权登记手续，无产权证书，无法办理登记；二是有的抵押物估价难度较大，若找专门评估机构，费用较高，抵押人负担过重，登记积极性不高。
(四)抵押权的实现难度较大
《担保法》规定，债务履行期届满抵押权人未受清偿的，可以与抵押人协议以抵押物折价或者以拍卖、变卖该抵押物所得的价款优先受偿，协议不成的，抵押权人可以向人民法院提起诉讼。在实践中，一方面由于很多抵押物没有统一的估价标准，有关部门对抵押物估价偏高，致使借款以物抵债后银行蒙受重大损失；另一方面，由于市场机制不健全，缺少规范的拍卖、变卖市场，即使有拍卖市场，也因基层市场不健全，拍卖抵押物难度大，银行难以及时实现处置权。